過去から帰還した茉莉香たちは、メッセージカプセルを受け取る。茉莉香、チアキ、そしてヨット部員たちは再びタイムスリップし、独立戦争当時の戦場に到着する。そこには宗主星の大艦隊と爆発寸前の超新星爆弾があった。茉莉香たちは植民星連合にも気付かれず、密かに独立戦争に介入することを決意する！