「ねえ…今度こそ、ずっと一緒だよ、シン」五河士道の前に、ついに姿を現した始原の精霊―祟宮澪。人類史における最大最悪の災厄。最強の精霊を止めるべく、十香たちは、戦いを挑むのだが…。澪の圧倒的な力によって、ひとり、またひとりと倒されていき…。絶望が戦場を支配する中、士道もまた精霊を巡る争いの元凶、ウェストコットと対峙する。ぶつかり合う純粋な想い。交錯する過去と未来。微かな希望を掴むため、終わりの始まりの戦争を始めましょう。