各国の諜報機関に知れ渡る伝説的スパイ“蜃気楼”は、影の戦争に終止符を打つ重要任務で仲間を逃がすため、死亡した。二年後。作戦失敗の責を取らされ、敵国である帝国スパイ養成機関“クリプトス”に潜入任務中の仲間の少女たちのもとにエドガー・フランクが唯一人の男子生徒として現れる。銃弾を避ける動体視力、卓越した射撃能力、盗聴、変装ｅｔｃ．全てを兼ね備えた彼こそ、死んだはずの“蜃気楼”だった。変装科。尋問科。潜入科。戦闘科。狙撃科。電子支援科。装備開発科に所属する元部下の少女たちは、正体を隠し救いにきたエドガーを全力で排除しようとしてきて敵対することに！？