人類と魔女の戦争が終結した後。“魔女狩り”と呼ばれる超人兵士の最高傑作である少女・クオは、自身の安全性を証明するため「正体を隠して“普通”に学園生活を送れ」という命令を受ける。失敗すれば即、廃棄処分という命懸けの任務。しかし、彼女にはそれ以前の問題があった。クオは、最強の戦闘力に反してコミュ力最弱の“超”人見知りだったのだ。さらに潜入先の学園では、仇敵である魔女の生き残りにして平和を望む変わり者のルカや、クオの任務を監視するため編入してきた“魔女狩り”の後輩・ノエルと出会ってしまい―！？ぼっちな少女の学園ガール・ミーツ・ガール、ここに誕生！