―私たち、運命なんだよ。そう言っておれに笑いかけてきた彼女は、パジャマが合わさったへんてこな制服を着ていた。学校では制服を着る。そんな“普通”が許されない、学校から消失した少女たちが集まるのが、高校ゼロ年生の教室だ。なぜか彼女達を認識できる特異体質のおれは、頼る相手がおれしかいない病院帰りの美少女お嬢様なゼロ年生・琴守楓花に、学校から消えるという不思議現象の解決に協力することでお近づきになる。しかもその教室には、ほかにも悩みを抱えている不思議な制服の美少女たちが集まっていて―夏の京都、世界から消失したヒロインたちと幸せに向かう青春物語。