１９６４年８月２４日、冷戦下のソ連上空、３万フィートを飛行するガンシップから、ひとりの男が舞い降りた。彼の暗号名は“ネイキッド・スネーク”。一度は西側に亡命したが返還された男、「悪魔の兵器」開発者のソコロフを奪還するために単身潜入したスネークを待っていたのは、師匠でもあるザ・ボスと、彼女が率いるコブラ部隊だった。避けられないザ・ボスとの対決。ここから「メタルギア」の物語が始まる―。