日本橋の薬種屋・生田屋に賊が押し入り、奉公人ふたりが斬殺され、大金が奪われた。店仕舞いの逢魔が時に襲う手口から、逢魔党と呼ばれる賊の存在が浮かび上がる。火付盗賊改方の与力・雲井竜之介は、下手人を追い、手下たちと探索を開始するが、与力を引退した父の孫兵衛も密かに聞き込みを始めるのだった。同心をも手にかける賊に、剣客親子はどう立ち向かうのか。父と子の絆が一つの線で繋がる時、悪の根が断たれる。