機械神（デウス・エクス・マーキナー）と名乗る少女たちによって世界は消滅した。しかし――　「たいちょー、朝デスよ？」　傷無（きずな）はアタラクシアで目を覚ます。待っていたのは楽しい仲間たちとの平和な学園生活。でもそこに機械神のホクトが現れて！？　世界の秘密が明かされ、ホクトの“八卦麒麟”がすべてを焼き払う時、傷無と姫川（ひめかわ）はついに禁断の任務を開始する。それはネコミミ魔法少女になった姫川と、コアの再インストールをすることだった！！