「魔眼蒐集列車」での事件が収束するより半年前。グレイの故郷で起きた殺人事件は、未解決のまま現在に至っていた。ライネスから事件直前のあらましを聞いたグレイは、己の過去と向き合うため、再び故郷を訪れる決意を固める。黒い聖母を崇める奇妙な掟で縛られた小さな村に居座る「アトラス院」院長ズェピアにエルメロイ２世が相対したとき、事件は真に変転する。死と生、過去と現在が交錯する第零幕にして第四幕が始まる。