突如、世界中に出現した正体不明の『敵性存在』。その敵に対抗できるのは、神に選ばれし存在―『戦乙女』だけだった。自衛官の父を持つ沖田・桜は、座して平和を甘受する生活に満足できず、誰かのために戦う力を求めて『第一次戦乙女選抜試験』への参加を決める。そこで桜が出会ったのは、弱冠１１歳ながら『戦乙女』を志す少女、渡来・園香だった。ときに競い、ときに肩を並べ、『戦乙女』を目指して訓練の日々を送る桜たち。しかし、運命の時は刻一刻と近づいて―。「かかってきなさい、侵略者。あなたたちの蛮行を、日ノ本の桜は許しはしない」