一族の呪具“雲神様の箱”と共に山をおりた少女セイレンは、飛鳥の大王への叛逆を企てる雄日子の守り人となる。謎の多い雄日子に不満を抱きつつも、初めて出来た仲間や居場所、雄日子が巻き起こす変革の奔流に心が躍るのを止められない。しかし彼らを狙う刺客は飛鳥からだけではない。セイレンが里を追われる原因となった石媛の宝珠。それが雄日子に渡っていたと知った一族の神の怒りを買い、新たな追手が放たれるのだった。