この世界の魔術師は皆、己の中に本と本棚を持ち、そこに記された物語を魔術に変えて行使する。そんな彼らの通う学園、通称『無限図書館』に歴代最低得点で入学した少年レン。彼の持つ本は白紙、ロクな魔術が使えない落ちこぼれだった―にも拘わらず、歴代最高得点の生徒をある方法で圧倒してしまったレンは、アンネと名乗る不思議な少女に目をつけられる。「やるじゃないか、少年！君、私の伴侶になりたまえよ」しかし、そんな彼女と行動を共にしていく中で、レンは知る。彼女の持つ本が、世界を破滅に導く“禁書”であることを―。異端の二人が世界を変える、禁書を巡る学園ファンタジー！