『無限図書館』に通うレンは、世界を破滅に導く“禁書”を行使するアンネと出会う。彼女と共に学園で事件を起こしていた禁書使いリシェルを倒し、平和な日常を謳歌していた。しかし、そんな平穏も束の間。突如、激しい爆音と共に凶悪な犯罪者が収監される『図書監獄』からの脱獄者たちにより、学園が襲撃され―後に学園の歴史に残る魔導戦争が始まった。それに応戦するべく奔走するレンたちであったが、その過程で自らの過去を解き明かす存在の数々に出会うことに―！？「この先なにがあったとしても、君は私を信じてくれるかい？」切なく、残酷な真実を前に、二人の絆が試される―！