「では、語らせていただこうか。君と兄が出会う前の物語をね」魔眼蒐集列車での出来事から数か月後。新たなる目標を掲げたエルメロイＩＩ世を支えるべく内弟子であるグレイは己の過去と対峙する。グレイにとって、この旅の起点である、自身の故郷をライネスとエルメロイＩＩ世が訪れた際の出来事を聞くが−−。物語は過去に遡り、隠された真実が明かされるｃａｓｅ．アトラスの契約、開幕。