岬美由紀の衝撃の過去が明らかになり、彼女自身が罪に問われた裁判が結審してから数カ月後。最高機密を搭載したフランス空軍機の墜落を阻止するために疾走するオレンジ色のガヤルドの姿があった！世界中を震撼させた謎のステルス機アンノウン・Σの出現と新種の鳥インフルエンザの大流行。一見関係のない事件に隠された陰謀に、いまだ不安定な精神にさいなまれる美由紀は、いかに立ち向かうのか…。