創立１０５年の伝統校三日月小学校に夏休みがやってきた。せっかく理科部から脱出したと思ったのに、また部室にいるなんて！七実は探偵気取りだし。翔はテンジクネズミの赤ちゃんに夢中。ケンシローは校庭でペットボトルロケットの打ち上げ。まるで理科部員！？理科部創設時の危機と１００年前のラヴを救うべく、再びぼくらが駆りだされる。理科する心は、冒険する心って？小学上級から。

リョータ、ケンシロー、翔、七実の４人は謎の理科部の部屋からタイムスリップ。こんどはハレー彗星の訪れた１００年前へ。