“監督”による映画館閉じ込め騒動も終わり、日常へ帰還したフラグちゃんたち。賑やかなフラグ回収の練習が再開―と思いきや、モブ男の身体に異変が起きる。モブ男が元々持っていた『バグ』が想像以上に深刻化し、身体が崩壊し消え始めていたのだ！神様に助けを求めるフラグちゃんだが修復不可能な危機的状況。このままでは完全に存在が消去してしまうモブ男を、フラグちゃんは何とか助けようと試みる！神様も諦めず、一緒に『仮想世界』を作った死神Ｎｏ．１に協力を依頼する。しかし、死神Ｎｏ．１こそがモブ男のバグを悪化させた張本人で―！？