渚カヲルの秘密が明かされる――。シンジの通うネルフ学園で開かれた「聖ソーテール祭」。そこでシンジは、カヲル、アスカ、レイ達の意外な一面を見る。一方、世界樹（イグドラシル）から逃げた使徒たちの陰謀は進んでいて――。