西暦二〇九六年四月。司波達也と深雪は二年生に進級した。今までの目覚ましい活躍と実績が考慮され、今年度から新設された魔法工学科コースの生徒となった達也は、深雪の意向で彼女と同じく生徒会副会長にも抜擢される。今年こそ、深雪と共に平穏な学校生活を…と考えていた達也だったが、『新入生』たちはそれを許さなかった。七宝琢磨。入試成績トップとして、今年度の新入生総代を務めた『エリート』で、十師族の脇を固める師補十八家の一つ『七宝家』の長男。七草香澄、七草泉美。十師族のひとつ『七草家』の長女・七草真由美の双子の妹たち。同じ数字を持つ『ナンバーズ』の三人が、魔法科高校で波乱を巻き起こし―。新展開突入！