一〇月三〇日。第三次世界大戦が開戦して、一一日が経った。三人の少年たちは、それぞれの想いを秘め、炎上するロシアを駆けていた。元『アイテム』小間使い・浜面仕上は、滝壷理后の治療に奔走するも、糸口は見つからない。キーとなるのは、元『神の右席』の聖人アックアとの出会い。最強の超能力者（レベル５）・一方通行（アクセラレータ）は、最弱の好敵手との交戦を経て、エリザリーナ独立国同盟に移送された。未だ打ち止め（ラストオーダー）を救う手だては見えない。キーとなるのは、魔術が記述された謎の羊皮紙。そして上条当麻は、ついにフィアンマと邂逅するも、手加減された上に逃亡を許してしまう。インデックスを元に戻すことは、未だ叶わない。キーとなるのは、“天使”と呼ばれる別次元の住人。三者三様の想いを秘め、科学と魔術が交差するとき、物語は始まる―。