謎の地球外有機生命体に寄生された少年・空木ミノルは、自身の能力“孤独”を武器に、人類の敵“ルビーアイ”にからくも勝利する。その日、ミノルは“加速者”ユミコから、“組織”へ誘われる。組織の役割とは、人間に危害を加える“ルビーアイ”能力者の撲滅。共闘を依頼されたミノルは、加入するかわりに、あることを要求する。それは、自分自身の“存在”消去。彼は、“誰も自分のことを知らない世界”を追い求めていた…。ミノルの次なる敵は、最も危険で狡猾な相手、“酸素”を操る“発火者”。絶対的な“孤独”を抱く少年の行方は―！