上条当麻は、全世界からオティヌスを守った。『魔神』の力を失った彼女は、小さな妖精さんとなり上条家の居候となる。そして、インデックスは相変わらず幸せそうにご飯を食べていた。そう、上条は望んでいた日常を取り戻したのだ。しかし。新たな脅威は、すぐに来た。――『魔神』が動くぞ。――長い旅路の果てに、ついに見つけたぞ。――サンジェルマン。それが全てを手に入れる者の名だ。学園都市に立つ巨大複合商業ビル『ダイヤノイド』にて、上条と魔神サンジェルマンは、相まみえる。戦場の舞台となった『ダイヤノイド』は魔神によって封鎖された。最悪の状況に巻き込まれたのは、ショッピング中の『アイテム』の面々、その荷物持ち予定だった浜面仕上、そして学園都市第六位の超能力者・藍花悦――の紛い物。激突が、始まる。