幼少の頃から追い求めた少女・アリスとついに再会したユージオ。しかし、そのアリスに、昔の―“ルーリッドの村”時代の面影は無かった。禁忌目録を破ったキリトとユージオを捕らえるために来たというアリス。彼女に幼少の記憶は無く、そして自身を“整合騎士”と名乗った。“公理教会”の象徴“セントラル・カセドラル”の地下牢に繋がれたキリトとユージオだが、キリトの機転でどうにか脱出を果たす。キリトが“外部”の人間であることを見抜いた謎の少女・カーディナルの助けをかり、二人はアリスを“本当の姿”に戻すため、塔の頂点を目指す！しかし、“シンセサイズの秘儀”により生まれた最強の戦士たちが、キリトとユージオの前に立ちはだかる―。