上条当麻が目覚めた場所は『暗闇の密室』だった。彼をそこに送り込んだのは、多角スパイ・土御門元春。この学園都市に、再び敵性魔術師が潜入し、持ち込んだ霊装で学園の壊滅を狙っているらしい。霊装による大規模術式発動阻止の『使命』を受けた上条は、残り数時間という緊急事態の中、急いで『暗闇の密室』から抜け出した！！―のだが、目の前に広がったのは、名門お嬢様女子校の更衣室で…。今回も爽快に不幸が炸裂する上条。ド変態の烙印を押され、凶暴な女学生たちから追われる中、途中で御坂美琴にも発見され、ついにチェックメイトかと思われたその瞬間…“幸運”にも、救いの手がさしのべられた。食蜂操祈。常盤台中学、第五位の超能力者『心理掌握（メンタルアウト』である少女から。この出会いは、偶然の産物か、それとも『何者か』による必然の産物か―。科学と魔術が交差するとき、物語は始まる！