『計画』。科学の総本山に鎮座する、不死の魔術師による一〇〇年越しの大願。それは無限に変化し、そして容赦なく牙を剥く──。学園都市の支配者に狙われた土御門元春と府蘭。上条当麻の部屋に転がり込んだ二人は、最終手段として学園都市からの脱出を試みる。しかし、緑色の手術衣を着た男は彼らを決して逃さない。その毒牙、魔術の『業』による攻撃で土御門の妹・舞夏が蝕まれてゆく。事態を打破するため、上条と土御門は、学園都市統括理事長の本拠『窓のないビル』突入を決意した。待ち受けていたのは、支配者の精神を象徴するかの如き巨大な虚無の空間。最上部を目指し突き進む上条だったが、突如現れたミナ＝メイザースを名乗る奇妙なネコミミ喪服美女の誘いで、彼は不死の魔術師が歩んできた『黄金の軌跡』を経験する。『幻想殺し』が生み出された謎と共に──。ついに、幕は開く。これより始まるのは、一片の曇りもない『人間』アレイスター＝クロウリーの物語である。