世界の終わりを告げるかのように月面に出現した“黒の巨人”アルマロスが放ったロンギヌスの槍によって“締め上げられ”、未曾有の天変地異に晒される地球。そんな混乱の中、スーパーエヴァンゲリオンとシンジの前に立ちはだかったのは、「委員長」洞木ヒカリが駆る白いエヴァ弐号機「エヴァＥＵＲＯ２」だった。様々な勢力の思惑が入り乱れる中、シンジと綾波、異変の原因を探るために月へと赴いたアスカ、ゼーレの足跡を探る加持とケンスケ、綾波Ｎｏ．カトルに連れ去られるミサトが辿り着いた先とは？ＴＶアニメ第２４話から分岐したもう一つの『エヴァンゲリオン』の可能性の物語、十年の時を経てここに甦る。