「ぼくはアポロ。平たく言えば…。きみたちを滅ぼしに来た」四国・キノコ守りの里で襲撃を受けたビスコたち一行。アポロと名乗る襲撃者は機械人形を操り、里のあらゆるものを“都市ビル”へと変えていった。全国各地で同時多発的に起こったこの“都市化現象”は、国民を阿鼻叫喚の渦に叩き落とす一方で、文明崩壊前の豊かな日本の姿をありありと見せつけ―。“都市”に蹂躙される中、現代を救う切り札となれるのは、人類とキノコの奇跡のハイブリッド―赤星ビスコだけ！？過去ＶＳ現在変わりゆく中で彼らの選んだ結末は―？