月から滅びゆく地球へ飛来した巨大岩盤「ヨモツヒラサカ」。ヒカリのウルトビーズが黒の巨人アルマロスを倒し、スーパーエヴァンゲリオンとシンジが岩盤を無事落着させ、危機は脱したはずだった。だがヒカリとウルトビーズが新たなアルマロスと化し、破滅への歯車が再び動き出す。サードインパクト直前で止めて「夢」の存在となったシンジは、エヴァンゲリオン最終号機を駆り最後の戦いへ。彼らは世界を「人類補完計画」の檻から解き放てるのか？ＴＶアニメ第２４話から分岐したもう一つの『エヴァンゲリオン』の可能性の物語、十年の時を経てここに完結。