“学園”を脱出したボクとヤヒロは、ミハシラを目指し、無人の街を進んでいた。しかし、進むにつれて凶暴さを増すミサキの出現や、物資の消耗に２人だけでの探索へ限界を感じ始める。そんな中、旧い前線基地の“工場”が近いと知り、補給のためにかつて“学園”が放棄したその施設へと向かうことに。そこで待ち受けていたのは、別拠点“教会”の遠征隊のメンバー、ツクシだった。たった一人で“工場”に立てこもるツクシに、敵対心を露わにするヤヒロ。他の探索メンバーの有無や、一人で見張りに立つツクシに不信感を持ったボクは、一計を案じ―。