多くの仲間を失いながらも、電脳空間での過酷な戦いを生き抜き、現実へと帰還した古橋優馬とその仲間たち。しかしその立役者の一人、「フロストバイター」の異名を持ち、優馬と将来を誓った少女・雨宮千歳には、とある変調が生じていた。部分的記憶喪失。戦いの中で育んだ優馬との思い出を、彼女は失ってしまっていたのだ。改めて恋人として、彼女と向き合おうとする優馬だったが、そこにある人物が現れる。千歳の姉にして電脳空間最強の呼び声高い女性・雨宮白亜。近い将来、再びやってくるであろう脅威に立ち向かうため、優馬は白亜を師と仰ぎ、己を鍛えようとするが―。