“銀水聖海”へ進出し、秩序を統べる学院“パブロヘタラ”に入学したアノス達。初の銀水序列戦を制しパブロヘタラを騒がせる彼らの前に、ミリティア世界を襲った者たち“幻獣機関”が姿を現す。アノスが彼らを相手取る最中、母・イザベラが刺客に襲われる事件が発生。通りかかった謎の青年の助力によって、その場は事なきを得たものの、イザベラは原因不明の高熱に倒れてしまった。青年曰く、彼は幻獣機関の故郷“災淵世界”の出身者であり、イザベラは彼の姉が転生した姿だと言うのだ。そして災淵世界との繋がりが、転生を経た今もなおイザベラの身体を蝕んでいるという―。