呼び寄せられた巨大台風―天の牡牛によって混乱する聖杯戦争。人理を否定するがごとき女神の暴虐を許すまいと、宝具を撃ち放つランサー。そこに立ちはだかるのはランサーにとって因縁の怪物、真バーサーカーだった。さらには神を憎み抗う復讐者による魔矢の洪水が降り注ぎ、『ネオ・イシュタル神殿』を中心に大規模な衝突が始まった。そして、一人のサーヴァントが影の中から女神に告げる。『―汝に、晩鐘を届けに来た』一方、非常事態の中で共闘を目指すマスターとサーヴァントたちが渓谷にて合流する。だが、エルメロイ教室の面々を前にアヤカは…。