さまざまな時代にタイムスリップしてきた香里、拓哉、亮平の３人はまたもや時空を超えて、幕末の土佐へ。少年時代の坂本龍馬と出会った彼らは、さらに薩長同盟当夜の京都へとタイムスリップしてしまう！日本史最大の謎のひとつ、龍馬暗殺の犯人は誰なのか？そしてなぜ３人はいとも簡単に時を超えてしまうのか？事件に巻き込まれるうちに、いくつかの謎がいよいよ解き明かされていく！小学上級から。

タイムスリップ探偵団が、泣き虫龍馬少年を連れ、龍馬暗殺当夜の京都へ。はたして、龍馬を暗殺したのはだれか。