16世紀、中国が「明（ミン）」と呼ばれていた時代。敵対する「テンプル騎士団」により仲間を殺された、中国最後のアサシン、シャオ・ユン。祖国に舞い戻った彼女は次々と復讐を果たし、騎士団に奪われた失われた太古の文明が作ったとされる「秘宝」の奪還、そして親友である張皇后の救出のため、ついには北京の紫禁城へ潜入する。だがそれは、現代の横浜に住む少女・リサの遺伝子に刻まれた祖先の記憶だった！リサの精神治療を口実に、シャオ・ユンの記憶から「秘宝」の在り処を探ろうとする現代のテンプル騎士・加賀美。しかしシャオ・ユンの影響を徐々に受けていたリサは、自らの意思でシャオ・ユンの運命を見定めようと決意する。一方、秘宝が騎士団に渡るのを恐れる現代のアサシンたちも動き出して…シャオ・ユンとリサの運命、そして秘宝の行方は!? 世界的大ヒットゲームのコミカライズ、ついに完結!!