世界樹の都・イルミンズルにて、錬金の勇者・デイジーを仲間に加えたアクセルたち運び屋パーティー。都の中心にそびえる神樹を謎の毒から救うため、都市を守る騎士団や魔法科学ギルドの所員たちと難題ミッションに挑む！しかし、神樹を脅かしていた黒幕の登場で状況は一変して…？