エレメントの支配者の正体は、かつて太古に存在したヴ・アウペルティア種族が進化を遂げてネガティヴ超越知性体となったものだった。かれはエデン２のクロノフォシル活性化を阻もうとしたが、ポルレイターの武器“デヴォレーター”を見舞われ、とめることのできない逆進化の道を歩みだすことになる。なんとか解決策を探そうとするなか、かれはみずからの内に未知の意識存在が宿っていることに気づいた。その未知者とは？