明治十八年。六年前に滋賀・逢坂山トンネルの事件を解決した元八丁堀同心の草壁賢吾は、再び井上勝鉄道局長に呼び出された。日本鉄道の貨車が開業間もない大宮駅で、何者かの作為によって脱線、積荷からあるはずのない千両箱が発見された事件について調査してほしいという。警察は千両箱を、江戸幕府の元要人にして高崎に隠棲後、官軍に処刑された小栗上野介の隠し金と見ているらしい。事件の鍵は荷積みの行われた高崎にありと、草近と小野寺乙松技手が同地に向かうと、乗っていた列車が爆弾事件に巻き込まれてしまう。更に、小栗の元従者が行方不明になっていることが判明。千両箱を狙う自由民権運動家や没落士族が不穏な動きを見せる中、ついに殺人事件が！時代×鉄道ミステリ、待望のシリーズ第二弾。