明治18 年。6年前に逢坂山トンネルの事件を解決した、切れ者と名高い元八丁堀同心の草壁賢吾は、井上勝鉄道局長に「大宮駅で何者かによって脱線させられた貨車から、謎の千両箱が発見された事件について調査してほしい」と新たな依頼を受ける。警察は千両箱を、江戸幕府の元要人で官軍に処刑された小栗上野介の隠し金と見ているらしい。事件の鍵は荷積みの行われた高崎にありと、草壁と相棒の鉄道技手・小野寺乙松は同地に向かうが、乗っていた列車が爆弾事件に巻き込まれてしまう。更に、千両箱を狙う自由民権運動家や没落士族が不穏な動きを見せる中、ついに殺人事件が！