銀河パトロール隊が創設される以前、人類は地球を中心に三惑星連合を組織していた。その彼らを、エッドア人が操る、かつてない超兵器を備えた海賊艦が襲撃した。戦いのさなか、人類はさらに太陽系外の両棲生物ネヴィア人の宇宙艦と初めて遭遇する。三つどもえの戦いの行方は？さらに本巻では、宇宙を二分する善と悪の闘いが、はるかアトランティス時代にまで遡って明かされる。