地震、台風と同じく自然災害の一種として、怪獣災害が存在する現代。有数の怪獣大国である日本では、気象庁内に特異生物対策部が設置されている。７年前から眠ったままの、少女の姿をした怪獣ヒメを移送中のヘリが、突如飛来した青い火球と接触、墜落した。同じ頃、つくば市に暮らす高校生、一騎の頭の中で少女の声がした。彼女は宇宙怪獣の地球襲来を警告する。『ＭＭ９』第２部。