スカイツリーを襲った宇宙怪獣を辛くも撃破してから二日。一騎と亜紀子、悠里とヒメは茨城県内のとある神社に護送された。そこで出会った美少女巫女ひかるは、ヒメとの意外な関係を明かす。一方、日本近辺には透明怪獣が次々と出現。その裏には地球侵略を企むチルゾギーニャ遊星人の恐るべき目論見があった。最強の宇宙怪獣を前に人類は？本格ＳＦ＋怪獣小説『ＭＭ９』第３部。