“人喰い人魚”の古い民話が残る田舎町で、永遠の孤独を生きる存在“千年さん”。町が未曾有の大雨に襲われるなか、ついに露わになる人魚伝説の真相。そして初めて彼女と触れあった人間・令子と、その孫娘・一花による、種族と時を超えた交流の行く末は…。同じ世界では生きられない【孤独な人魚×少女たち】のミステリアス異類譚、ここに完結−−。