マインクラフト世界にある、のどかな町コーヌコーピア。巨大な壁に囲まれ、外の敵から守られたその町で、人々は豊かな食べ物と居心地のいい家に恵まれた平和な生活を送っている。そんな町で、マル、レナ、チャグ、トックの仲良し４人組は大人の作ったルールになじめず、町の人から「腐ったリンゴ」とばかにされて過ごしていた。ある日、町の外から壁では防ぎきれない攻撃が始まり、それに気づいた４人は現実を受け入れられない町の人々を頼らず、昔からのルールを破って壁の向こうのオーバーワールドへと旅立つ。はるか遠くの森の洋館にいる敵を倒すため、そして自分たちが腐ったリンゴではないと信じるため。平和な暮らしの中で人々が失った知恵と勇気とクラフトの力を使い、はみだし探検隊の冒険がはじまった…！