学校で起こるお化けの正体、落書きの犯人、町内会の盗難事件をまどか、祐太朗、結衣の「サイエンス探偵団」が解決する。科学の知識を駆使して、望遠鏡や顕微鏡、備長炭電池などを自分たちで作って捜査が進む。意外な犯人にたどり着いたまどか達３人は、どうするのか…。

第１話　レンズで犯人を探せ！！（大図解！これがまどかたちがつくった望遠鏡だ！！
望遠鏡が逆さまに見えるわけ　ほか）
第２話　武将の幽霊出現！？（これが結衣ちゃんのサイエンスマジックだ！
静電気とは？）
第３話　青い焼きそばの謎（色変わり焼きそばをつくろう！）
第４話　“見えない光”で犯人を当てろ！（これが指紋検出法だ！
これがルミノール反応だ！　ほか）
第５話　ミスターＰからの挑戦（備長炭電池の作り方
電気はどうやって作る？　ほか）