守蛇怪の艦長としてテスト航行を行っていた山田西南は、救助した男から『樹雷の鬼姫』宛ての、装甲封印された小箱を託された。その時、守蛇怪は突如現れた謎の海賊艦から攻撃され、直撃を受けてしまう。とっさに超空間ジャンプを行い、なんとか逃れる事に成功した守蛇怪だったが、外部装甲に付着したペイント弾は、長距離ジャンプと超空間通信を不可能にしていた。海賊たちの追跡を必死でかわし、ようやくＧＰ勢力圏にあるステーション『パン・ドーラ』にたどり着いた守蛇怪。だがそこはすでに海賊たちの支配する地だったのだ！西南はこの絶体絶命大ピンチをどう切り抜けるのか！？―。