封印都市をタイムループから解き放ち、３年４組を助けることに成功したアイ。しかし、同時にアリスの願いに反して彼を救ってしまったことで、２人はすれ違ってしまう。「私にだけ見えていた夢が、なくなっちゃったんです…」アリスへの想いと引き替えに失った、墓守としての夢。ひとりぼっちで途方に暮れるアイだが、突如、封印都市に魔女旅団と名乗る異形の集団が現れ―！？「罪人を裁きに来ました―ここに魔女裁判を開廷する！」世界を救う罪を裁くという魔女旅団。彼らの狙いはアイなのか？そして、すれ違ったアリスとアイの想いの行方は―。