女性にしか反応しない兵器＜ＩＳ＞を、なぜか男なのに起動させられる一夏は、その操縦者を育成するための学校・ＩＳ学園に入学することに。男一人でやりづらいなか、幼なじみの鳳鈴音、通称鈴（リン）が転校生として登場し、女の子たちの問題がさらに加速する。クラス対抗のISバトルで鈴と対戦することになった一夏は――。