三億年もの間生き続けているという怪物、「大海獣」の調査隊に加わった鬼太郎は、同じ調査隊に参加していた科学の天才、山田少年の罠によって、大海獣の血液を注射され、怪物の姿に変身してしまった！　助けを求め、日本に上陸した鬼太郎だが、目玉のお父さんでさえ、その正体には気が付かない。絶望の中、怪物となった鬼太郎が向かう先は……？