ダフネー誘拐事件から一週間経過後、京都コクーンで超長距離高校を可能にするエンジン・VASIMRを発見したアラタたちは、4.24光年離れた恒星系「プロキシマ・ケンタウリ」への航行を計画。一方、ジジの本音を聞いたシーザーは、ジジとともに地球に降下する決意し、アラタの計画から離脱を宣言するに至る。各々の想いを胸に、未来への決断をしたネオテニイたちに待ち受ける、衝撃の結末とは…!?