宇宙の運命を託された少女と教師。人類の存亡を掛けた一大情報戦、始まる。　突如現れた「監視者」と名乗る男から、「この卵を孵化させろ」と言われた女子中学生・三虎悠瑠。学校に赴任してきたばかりの教師・灯木一陽と共に、「卵」を守り育てる「孵化者」になることを決意する。しかしその「卵」を巡って、科学者・ヤクザ入り乱れての争奪戦が勃発し…。宇宙を救うのは、女子中学生！？　ＳＦジュブナイル、いよいよ開演！！